1、實驗應在超凈工作臺或者生物安全柜內進行；
2、實驗的過程中選擇尺寸的手套并能及時更換，在進出不同實驗區域或進行模板操作后都應更換實驗服、口罩、帽子及手套，以避免不同實驗區交叉污染；
3、裝有PCR試劑的反應管在打開之前應先瞬時離心，將管壁及管蓋上的液體離至管底，降低污染手套或加樣器的風險；謹慎開啟反應管，防止管內液體濺出或形成氣溶膠導致污染；需要高溫加熱的樣本，可采用封口膜進行PCR管蓋密封，避免管蓋應受熱而發生彈開；
4、吸加試劑和模板的操作應嚴格按照規范要求進行，遵守“慢吸快打”原則，盡量一次性完成，忌多次抽吸，以避免氣溶膠產生的交叉污染；
5、PCR試劑建議小量分裝，以減少反復凍融、重復取樣次數和反復使用過程中的試劑污染；多樣本PCR反應時，先配制反應混合液分裝至反應管中，加入樣本核酸，請勿同時開蓋，盡量保證單人單管，實現完全閉管操作；
6、實驗試劑應與樣品和PCR產物分開保存，不應放于同處；
7、PCR擴增實驗完成后及時將反應管取出，用一次性手套或者塑封袋將產物反應管包裹丟棄，保證管蓋緊閉；
8、實驗室自配試劑（去離子水、緩沖液等）和所有使用器具在使用之前均應高壓滅菌或紫外殺菌，尖、反應管等實驗耗材應一次性使用。
樣本間交叉污染
主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。
PCR試劑的污染
主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
質粒的污染
在實驗室操作中經常會用到陽性參考品，這些陽性參考品大多數是由某些質粒制作而成，質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。
PCR擴增產物污染
這是PCR反應中常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。還有一種容易忽視，可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染，在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，據計算一個氣溶膠顆粒可含4.8萬拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
輔料的質檢應結合實際工作中可能用到的場景，并非越苛刻越好，需要每個實驗室結合自身情況來設計和調整文中提到的參數。
1.離心管
（1）滲漏密閉性：將n個離心管加入半量墨汁，蓋好蓋子后放入水中，浸泡30min，沒有墨汁滲出為合格。
（2）離心密閉性：將n個離心管加入半量純水，放入離心機，10000 rpm，30min，管蓋未崩開未漏液為合格。
（3）熱密閉性：將n個離心管加入半量純水，蓋好蓋子稱重后放入金屬浴中，65℃或90℃（巴氏消毒），30min，再進行稱重，離心管未變形，管蓋未崩開未漏液，前后重量未變化為合格。
（4）冷密閉性：將n個離心管加入半量純水，放入-20℃冰箱，24h，離心管未變形，管蓋未崩開未漏液為合格。
（5）污染物質檢：將n個離心管分別加入半量陰性純水，蓋好蓋子渦旋1 min后靜置5min，吸取純水作為模板進行擴增，qPCR無擴增為合格。
（6）抑制物質檢：將n個離心管分別加入弱陽性質控物,室溫靜置5min，然后進行提取;RNA核酸，DNA核酸，室溫靜置5min，作為模板進行擴增，qPCR擴增未被抑制為合格。
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